公元二千多年时，地球陷入了空前的危机。无数的慧星从太阳系通过，而且在不久的将来将会墬落到地球，地球也将会可能会受到很大的伤害。为此，人类设立了行星危机管理机构，在卫星轨道上也设立了慧星迎击基地，同时也开始了去除对地球有威胁的行星。　　在迎击部队中最令人注目的就是将驾驶配备有特殊ミサイル的宇宙迎击

遥远的，遥远的，时空的彼方。

神之谜题是以解谜为题材的原创动画，舞台是私立学院学员高等部，主人公是对谜题十分着迷并自信逢谜必破的高一学生大门。有一天，他受到学生会长邀请，同青梅竹马少女野叶一起前往学校附近的遗迹解“不能解开之谜”

故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。

在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。