现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·

随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代——

故事以近未来的地球为舞台，讲述善良小男孩剑斗和恶魔宝宝安娜的故事，一人一魔携手踏上大冒险，希望能拯救剑斗的母亲。