故事发生在遥远的未来，彼时，人类早已经开始向月球移居，然而，移居到月球上的人类，和留在地球上的人类之间产生了无法调解的矛盾最终爆发了激烈的战争，最终，在月球上生活的人类同地球彻底划清了界限，建立的自己的国家，两颗星球之间完全属于断联的状态。　　一晃眼几百年过去，月球和地球之间的关系好不容易得到了缓和

伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……

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动画第2季《Fate/kaleid liner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fate/kaleid liner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉雅重返过去的日常生活。然而，既然已经当过魔法少女，麻烦就会如影随形！这次她竟然是被无预警出现的另