经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。　　梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救下。解救任务的成功，全拜乙HiME的参与所赐。但是，这片刻的和平没有

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。　　本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背

三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。